2.3.模擬
使用方程(1)分析T_{text{det}}檢測時間分布對四個(或多或少隨機的)變量N_0、N_{text{det}}、mu和lambda(其分布取決于N_0)的依賴性。模擬研究在Excel中進行,并使用 Risk(Microsoft ExcelTM的風險分析加載項,4.05專業版,Palisade,美國,2000)進行分析,輸入如下:
?每孔初始細胞數遵循泊松分布,平均每孔1個細胞;
?單細胞的延滯時間lambda(1)假設為Gamma分布,遵循Baranyi和Pin(2001)的理論。Gamma函數由兩個參數alpha和beta定義。在最佳生長條件下(30°C,pH 7,0.5%NaCl),alpha取5,beta=0.5小時,導致單細胞預期延滯時間平均值為2.5小時(注意2.5小時是單細胞延滯時間的平均值,與群體延滯期不同),標準差為1.12小時。當每孔有多個細胞時,延滯時間使用Baranyi和Pin(2001)推導的公式估算。使用與方程(1)相同的符號,
?比生長速率假設服從正態分布,平均值為1~h^{-1},標準差為0.03~h^{-1}。這對應于約3%的相對偏差,這是通過生成獨立重復的活菌計數生長曲線確定的。圖2顯示了其中四條曲線,來自在最佳條件下培養的培養物。在不太有利的環境條件下也生成了類似的曲線。它們表明最大比生長速率是一個重現性很好的參數,在支持生長的環境中誤差范圍為1-5%。
?檢測水平細胞數的分布假設為均勻分布,介于5times 10^{6}和1.5times 10^{7}個細胞/ml之間。
3.結果與討論
3.1.模擬
使用蒙特卡羅抽樣方法進行一萬次迭代,得到T_{text{det}}檢測時間的標準差為1.25小時,而個體延滯時間的標準差為1.12~h。在方差分析(ANOVA)術語中,1.12^{2}/1.25^{2}=80%的檢測時間方差可由延滯時間的方差解釋。注意,在此模擬中,延滯時間變異性相對較小。如果細胞受到脅迫,其延滯時間將更加分散,個體延滯時間變異性對總體變異性的貢獻將變得更加主導。
模擬的T_{text{det}}檢測時間保持了Gamma分布的形狀。 Risk中所有可用的分布(對數正態分布等)都擬合到T_{text{det}}值。Gamma分布給出了良好的擬合,卡方值高達93%。T_{text{det}}的方差略高于個體延滯時間的方差。
結論是Gamma分布適合擬合T_{text{det}}值的分布,并且檢測時間的大部分變異性可歸因于延滯時間的變異性。
模擬還表明,為了獲得檢測時間分布的良好估計,所需的陽性孔數約為100。
3.2.實驗結果
Gamma分布被證明適合擬合測量的T_{text{det}}檢測時間(圖3)。這與Wu等(2000)的發現不一致,他們使用正態分布擬合個體細胞延滯時間的分布。然而,他們報告每次稀釋有40個重復,根據我們的經驗,這不足以確定哪種分布最佳。
在Bioscreen微孔板的200個孔中,陽性孔的平均數量始終在125到175之間。基于泊松假設,這意味著在所有實驗中N_{0}的平均值在1到2之間。
我們已經確定檢測時間變異性的主要來源是個體延滯時間的變異性。為了測試生長條件的影響是否一致,在每種環境條件下進行了兩到三次重復實驗。在給定環境條件下,檢測時間的總方差被分為三個獨立的方差:
sigma^2_{text{total}}=V_R+V_E+V_H
其中(i)V_R源于Bioscreen讀數不準確性;(ii)V_E源于環境條件影響的變異性;(iii)V_H源于細胞接種時生理狀態的異質性。這是通過檢測時間分布測量的(其主要來源是個體延滯時間的變異性)。
Bioscreen讀數不準確性V_R通過高水平接種實驗評估,并假設在任何環境條件下相同。環境條件引起的變異性V_E是在相同條件下進行的實驗中檢測時間均值的方差。均值以檢測時間的標準差加權。最后,群體異質性引起的變異性V_H是通過從給定環境條件下集合的平均總方差中減去前述方差得到的。結果以R^{2}百分比表示,即由于接種時細胞生理狀態異質性引起的總變異性比例(表1)。在大多數情況下,環境條件的重復是令人滿意的(群體異質性引起的變異性高于95%)。然而,對于在pH 5.0或5.5下進行的實驗,情況并非如此;在這些低pH值下,結果無法一致地重復。
表1
不同環境條件下檢測時間的變異性來源
主要來源通常是細胞初始生理狀態的異質性V_H,除了在低pH值時,環境因素影響的變異性V_E可能具有同等權重。
正如預期,生長條件抑制性越強,檢測時間越長,其分布越分散。在圖4中,對于每種生長條件,檢測時間的標準差對其平均值作圖。可以看出,在所研究的環境因素區域內,檢測時間的標準差與其平均值之間的關系大致是線性的。然而值得注意的是,在NaCl濃度為4%時,標準差幾乎與0.5%時保持相同水平,然后才增加。這與Patchett等(1992)的結果一致,他們發現鉀和甜菜堿等滲透保護劑的增加(隨著NaCl濃度增加而在細胞中積累)從約5%的NaCl濃度開始顯著增加。
4.結論
控制病原菌延滯時間的變異性對于生產安全食品(例如最小加工食品)是可取的。然而,從技術上講,獲取足夠且足夠準確的單個細胞延滯時間數據是困難的。濁度檢測時間可能提供解決此問題的方法。正如我們所表明的,如果初始細胞數較低,檢測時間變異性的主要來源接近于個體延滯時間的變異性。作為初步近似,可以在檢測時間與其標準差之間建立線性關系dev(T)~T。然而,如果生長緩慢,那么其他來源(“噪聲”)可能匹配原始變異性的比例,并且線性關系可能不易被觀察/重現。
致謝
這項工作部分在食品研究所項目CSG 434.1213A下準備,部分由歐盟項目QoL 2000-01145(BACANOVA)資助。
相關新聞推薦
1、微生物生長曲線分析儀評估化合物C6抑制劑對單核細胞增生李斯特菌的直接抗菌活性
